Для начала неплохо бы определиться с тем, что такое сюжет, хотя бы в контексте разговора :D Прежде чем рассуждать о том, что же является его основой.
Вики говорит, что сюжет это ряд событий (последовательность сцен, актов), происходящих в художественном произведении и выстроенных для читателя (зрителя, игрока) по определённым правилам демонстрации.

Да, Юдковский использовал популярную тему Potterverse и готовую многотысячную аудиторию читателей для распространения некоторых идей. Но сами эти идеи не являются основой сюжета фанфика:)