Нет, в конце семнадцатого инквизиторы прогнули на свою службу по меньше мере маг. Испанию, так что хоть ядерные боеголовки, неважно, фактически уже как бы гражданская война среди магов.
А вот век пятнадцатый или даже четырнадцатый, когда Церковь и Инквизиция представляла из себя просто кучу относительно продвинутых маглов, где самым мощным личным оружием был арбалет (дико дорогая штука), а в основном те же луки и та же конница, мечи, копья.
Огнестрел того времени можно в расчет не брать.

И вот с этим вот Инквизиторы смогли изначально побеждать магов? Ну не верится, уж извините. Получается байка правдоподобности уровня "народ сам победил в ВОВ, вопреки Сталину и партии, которые только мешали".
Объективные обстоятельства и объективная колоссальная разница сил между магами и маглами сильнее любых хитростей, которые могли придумать инквизиторы. Даже про заваливание мясом. Это не поля первой мировой, собрать в 14 веке мало мальски крупную армию в условиях феодальной раздробленности - та еще задача. Феодал с тысячей конных уже был невероятно крутым.
Я уж молчу про то, что Церковь, эфемерно обещающая рай после смерти, якобы была для средневековых элит, не отличающихся особым богопочитанием и моралью (удобно, говоришь "не убий", а неудобно, убиваешь и говоришь "еретик и вероотступник"), была лучше чем здоровье, омоложение и привороты вот прямо здесь и сейчас. Маги могли вообще устраивать подставы с лжехристом, который и по воде ходит и воду в вино.
То есть весь этот конфликт очень натянут в текущем виде.