А кто сказал, что в войне на полное уничтожение магов или маглов как вида, все "светлые" перейдут на сторону маглов?
Да, будут перебежчики в обе стороны и тд. и тп. Люди разные по обеим сторонам.
А если к моменту открытой войны маги создадут/выкопают какой-нибудь ритуал, позволяющий создать из обычного человека мага, как много людей этим соблазнятся?
И таких условностей можно придумать миллион.

= Победит тот, кому автор этого конкретного фика будет симпатизировать.